Resident Evil 5 è ambientato dieci anni dopo il disastro di Raccoon City, avvenuto nel 1998, e quattro anni dopo l'avventura di Leon Scott Kennedy in Spagna, che ha avuto luogo nel 2004. Nel 2009 Chris Redfield, ex membro della squadra speciale S.T.A.R.S., si è unito ad una compagnia che combatte il bioterrorismo, chiamata B.S.A.A. Mandato in missione nel cuore dell'Africa ad indagare su una misteriosa minaccia bioterroristica, Chris arriva nella regione africana di Kijuju, dove fa la conoscenza di una ragazza, Sheva Alomar. I due scoprono presto gli orrori del luogo. I nativi di Kijuju sono stati infettati da un misterioso parassita, che li ha condannati a rimanere in uno stato permanente di furia omicida. I due agenti della B.S.A.A. affrontano quindi le orde di nemici, chiamati Majini, cercando allo stesso tempo di impedire la diffusione del parassita. Contemporaneamente Albert Wesker, ex capitano della S.T.A.R.S. e nemesi di Chris, si reca in Africa per collaborare con Excella Gionne, la proprietaria della compagnia farmaceutica Tricell.[16] Wesker, aiutato da una misteriosa donna incappucciata che fa il lavoro sporco per lui, cerca di contrastare i piani della B.S.A.A., intento a dominare il mondo.